救生艇的引擎在剧烈震颤，工藤新一死死攥着琴酒抛出的怀表，表盘内侧的微型摄像头还在持续运转。
直升机的轰鸣声越来越近，探照灯的光束如利剑般刺破海面，却在距离救生艇百米外突然转向，像是被某种力量牵引着偏离了轨道。
“不对劲！”工藤新一将怀表塞进内袋，指尖触到冰冷的金属时，突然想起琴酒临别前那抹意味深长的眼神。
他转头望向战场方向，琴酒与茱蒂的枪／声已经渐渐稀疏，取而代之的是某种低沉的嗡鸣，仿佛远古巨兽在深海苏醒。
海底深处，一艘漆黑的潜艇缓缓浮出水面。工藤新一瞳孔骤缩，艇身上若隐若现的乌鸦纹章与琴酒怀表上的图案如出一辙。
舱门开启的瞬间，赤井务武的身影出现在阴影中，老荷官的金丝眼镜泛着冷光：“上船，来不及解释了。”
救生艇刚靠近潜艇，工藤新一便被一股强大的吸力拽入舱内。
舱门重重关闭的刹那，工藤新一看到海面泛起诡异的涟漪，数十条银色机械触手从海底探出，将救生艇绞成碎片。
琴酒的戒指在口袋里发烫，后颈的时空粒子疯狂跳动，仿佛在警示着某种危机。
“这是组织的秘密潜艇？”工藤新一扶着震颤的舱壁，目光扫过布满仪表盘的控制室。
赤井务武正在操作台前忙碌，屏幕上跳动的数据流中，赫然夹杂着琴酒的基因图谱和乌丸莲耶的全息头像。
老荷官头也不回地开口：“准确来说，是二十年前‘潘多拉’号的残骸改造体。”
记忆如潮水般涌来。
工藤新一想起记忆芯片中的画面：二十年前，赤井务武与琴酒的父亲在实验室里激烈争执，桌上摊开的图纸正是这艘潜艇的设计图。
“你们早就知道乌丸莲耶的计划？”少年侦探的声音带着难以置信。
赤井务武终于转身，镜片后的目光深邃如渊：“二十年前，我和琴酒的父亲试图阻止时空实验，却被组织追杀。‘潘多拉’号表面是科考船，实则是初代时空穿越装置的载体。”
赤井务武调出一张老照片，照片里年轻的琴酒站在船头，身旁的男人与他有着七分相似，“琴酒的父亲为了保护儿子，将他的基因样本和时空粒子数据藏在了这艘潜艇里。”
工藤新一的太阳穴突突跳动，记忆芯片与后颈纹路产生共鸣。
他看到更多画面：琴酒八岁那年，父亲在实验室被杀害，临死前将一枚刻有鸢尾花的戒指塞进他手中；赤井务武暗中收集证据，却在即将成功时遭遇埋伏，从此销声匿迹。
“所以琴酒才会被选为实验体。”工藤新一喃喃道，“因为他的基因里藏着打开时空装置的密钥。”他握紧口袋里的戒指，内侧的鸢尾花纹路与潜艇控制台的启动键完美契合。
赤井务武点头，启动了某个隐藏按钮。潜艇底部传来齿轮转动的声响，墙壁缓缓升起，露出一个巨大的透明舱室。
工藤新一倒抽一口冷气——舱室内，无数装着蓝色液／体的培养皿整齐排列，每个培养皿上都标注着不同的时间坐标，而中央的主屏幕上，赫然显示着乌丸莲耶的全息投影。
“这是组织的时空档案馆。”赤井务武的声音低沉而沙哑，“乌丸莲耶通过克隆技术和记忆移植，试图将自己的意识注入不同时空的载体。而你和琴酒，正是他选中的完美容器。”
赤井务武调出一段监控录像，画面里，幼年的工藤新一在游乐园玩耍，暗处有无数双眼睛在注视。
就在这时，潜艇突然剧烈摇晃。
警报声响起，屏幕上显示有不明物体正在靠近。
工藤新一透过观察窗望去，只见数十艘印着组织乌鸦标志的潜艇破水而来，发射的鱼雷在海水中划出致命的轨迹。
“他们来了。”赤井务武迅速操作控制台，潜艇开始下潜。
赤井务武调出琴酒的基因图谱，“琴酒将自毁程序密钥藏在你我体内，现在是时候启动了。但在此之前，你必须知道全部真相。”
老荷官按下某个按钮，舱室的墙壁上浮现出一段尘封的记忆。
画面里，年轻的宫野艾莲娜正在实验室里忙碌，她的面前放着两个培养皿，分别装着工藤新一和琴酒的基因样本。
“乌丸莲耶的计划比我们想象的更可怕。”赤井务武的声音传来，“他不仅要穿越时空，还要改写历史。而阻止他的关键，就在你和琴酒的羁绊之中。”
潜艇下潜到更深的海域，四周的水压让舱体发出不堪重负的呻／吟。
工藤新一感觉后颈的纹路与琴酒的戒指产生共鸣，某种神秘的力量正在觉醒。
他想起琴酒在海底基地说的话：“用你的时空粒子，和我的基因共鸣。”
“我该怎么做？”少年侦探握紧拳头，目光坚定。赤井务武将一枚芯片插入控制台：“将你的时空粒子与潜艇的核心系统连接，再用琴酒的基因密钥启动自毁程序。但这样做，你可能永远无法回到原来的时空。”
工藤新一没有丝毫犹豫，将戒指嵌入启动键。蓝色的光芒瞬间笼罩整个舱室，他的意识被拉入数据流的海洋。
在那里，他看到了无数个平行时空的自己和琴酒，有的并肩作战，有的刀剑相向，而所有的时间线，都指向一个共同的终点。
“新一！”琴酒的声音突然在意识中响起。工藤新一转头，看到黑衣男人站在数据流的尽头，身上的伤口还在渗血，灰眸中却带着从未有过的温柔，“别害怕，这不是结束。”他伸出手，无数记忆碎片从他掌心飞出，与工藤新一的时空粒子融合。
现实中，潜艇的自毁程序开始启动。
赤井务武将最后一份加密文件塞进工藤新一手中：“这是乌丸莲耶的全部罪证。带着它离开，找到真正的宫野志保。”老荷官启动了逃生舱，将工藤新一推进去。
“那你呢？”少年侦探在舱门关闭前大喊。赤井务武露出释然的微笑，举起手中的怀表，表盘上的鸢尾花与潜艇的自毁装置同步闪烁：“我和琴酒的父亲，终于可以完成二十年前未竟的事业了。”
逃生舱弹出的瞬间，工藤新一看到潜艇在海底爆炸，巨大的能量冲击波将追兵尽数吞噬。
工藤新一握紧手中的加密文件，后颈的时空粒子与远方的琴酒再次产生共鸣。在意识的深处，琴酒的声音轻轻响起：“后会有期，名侦探。我们的故事，才刚刚开始。”
当逃生舱浮出海面时，工藤新一望着初升的朝阳，心中已经有了新的计划。
他知道，这场与时间和命运的较量远未结束，而他和琴酒，终将在某个时空的节点再次相遇，共同揭开黑衣组织最深处的秘密……
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